สถานีตำรวจนครบาลบางยี่เรือ  ตั้งขึ้นโดยใช้ชื่อของตำบลซึ่งสืบต่อมาในสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้วางกำลังทหารเพื่อดักซุ่มยิงเรือรบทหารพม่าที่ผ่านเข้ามาในสมัยสงครามกอบกู้ประเทศชาติ  จึงขนานนามบริเวณนี้ว่า   “ บางยิงเรือ ”  ต่อมากลายเป็นชื่อตำบลหนึ่งแล้วเรียกออกเสียงเพี้ยนไป  ในภายหลังว่า  “ บางยี่เรือ”  มาจนถึงปัจจุบัน

       สถานีตำรวจนครบาลบางยี่เรือ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๕๙  เดิมตั้งอยู่บนที่ดินของธรณีสงฆ์       วัดราชคฤห์ ริมคลองบางหลวง หรือคลองบางกอกใหญ่ใกล้กับที่ว่าการอำเภอธนบุรี  เดิมตัวอาคารปลูกสร้างทรงปั้นหยาสองชั้นหลังคามุงกระเบื้อง ชั้นบนและชั้นล่างเป็นไม้สักมีห้องพักข้าราชการตำรวจปลูกล้อมตัวอาคารที่ทำการจำนวน  ๒๕ หลัง  ทั้งหมดทาสีเทามี ร.ต.ท.ขุนจำนงค์   ทนุราษฎร์  ( ถนอม  ปาลกะวงศ์ ) ดำรงตำแหน่ง “สารวัตรแขวง”  ตั้งแต่วันที่ ๓๑ ก.ค. ๒๔๕๙ เป็นต้นมา   ต่อมามีผู้ดำรงตำแหน่ง  “สารวัตรแขวง”  สืบต่อมาอีกรวม  ๖ นายจนถึงวันที่  ๑๐  เม.ย. ๒๔๘๓ ได้มีการเปลี่ยนเรียกชื่อจาก  สารวัตรแขวงเป็น   “สารวัตรสถานี”  มี ร.ต.ท.ยรรยงค์  สท้านไตรภพ  ( ประสงค์  มุกสิกะรักษ์ ) ดำรงตำแหน่งเป็นคนแรกและมีผู้ดำรงตำแหน่ง “สารวัตรสถานี”  สืบต่อมาอีก  ๙  นาย  ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๔๙๓  สถานีตำรวจนครบาล บางยี่เรือ  ได้ย้ายจากที่ดินธรณีสงฆ์ที่วัดราชคฤห์เดิม  มาตั้งอยู่เลขที่ ๒  ถนนเทอดไท  แขวงบางยี่เรือ  เขต ธนบุรี กรุงเทพมหานคร  ซึ่งเป็นที่ทำการในปัจจุบันอยู่บนที่ดินของกรมธนารักษ์  ในสมัยของ ร.ต.อ.อุดม (เล็ก) เศาระบุตร  ดำรงตำแหน่ง สารวัตรสถานี จนถึงปี  พ.ศ.๒๔๙๔ ได้มีการเปลี่ยนชื่อจาก     “ สารวัตรสถานี ”    เป็น  “ สารวัตรใหญ่ ”